A Kinetic Finite Volume Discretization of the Multidimensional PIDE Model for Gene Regulatory Networks

In this paper, a finite volume discretization scheme for partial integro-differential equations (PIDEs) describing the temporal evolution of protein distribution in gene regulatory networks is proposed. It is shown that the obtained set of ODEs can be formally represented as a compartmental kinetic...

Teljes leírás

Bibliográfiai részletek
Szerzők:	Vághy Mihály András Otero-Muras I Pájaro M Szederkényi Gábor
Dokumentumtípus:	Cikk
Megjelent:	2024
Sorozat:	BULLETIN OF MATHEMATICAL BIOLOGY 86 No. 2
Tárgyszavak:	Biokémia Immunológia Farmakológia és gyógyszerészet
doi:	10.1007/s11538-023-01251-3
mtmt:	34527228
Online Access:	https://publikacio.ppke.hu/2739

Hasonló tételek

Analysis and control of stochastic gene regulation network models using compartmental discretization
Szerző: Kecskés Dorka
Megjelent: (2025)

Polynomial Time Coverability Analysis in Discrete State Chemical Reaction Network Subclasses
Szerző: Szlobodnyik Gergely, et al.
Megjelent: (2025)

Brain age prediction based on convolutional neural networks trained on T1 weighted MRI volumes
Szerző: Kemenczky Péter
Megjelent: (2015)

Random Walk and Its Application in Network Analysis Used for Gene Prioritization
Szerző: Oláh Balázs
Megjelent: (2011)

Simulation and analysis of stochastic kinetic systems
Szerző: Jabbour Hala
Megjelent: (2022)

Optimizing Transformer-based Neural Networks for Enhanced Ab Initio Gene Prediction in ESKAPE Pathogens
Szerző: Ortiz Nicole
Megjelent: (2024)

Gene Prediction Revisited
Szerző: Bata Natali
Megjelent: (2025)

Finite Element Algorithms and Data Structures on Graphical Processing Units
Szerző: Reguly István Zoltán, et al.
Megjelent: (2015)

Discrete Spatio-temporal Modelling of Pathological Angiogenesis
Szerző: Gönczy Tamás
Megjelent: (2016)

Right to Strike in a Changing Regulatory Environment
Szerző: Kajtár Edit, et al.
Megjelent: (2013)

Structural Analysis of Kinetic Systems with Application to Cell-free Expression Systems
Szerző: Tuza Zoltán András
Megjelent: (2015)

Investigation of genetic variants of GABA receptor encoding genes
Szerző: Kopacz Zsófia
Megjelent: (2014)

Modelling the constructions of low- and medium voltage capacitors used in defibrillators, using finite element methods
Szerző: Hesz Tamás
Megjelent: (2016)

Introducing the Roles of Soft Law Illustrated by a Regulatory Area in Environmental Law
Szerző: Tahyné Kovács Ágnes
Megjelent: (2018)

Evolution of opposing regulatory interactions underlies the emergence of eukaryotic cell cycle checkpoints
Szerző: Hernansaiz-Ballesteros Rosa D., et al.
Megjelent: (2021)

New compliance challenges related to ESG, based on the latest EU and domestic regulatory framework
Szerző: Kondricz Péter
Megjelent: (2023)

Integration of single-cell RNA-sequencing data to study gene expression differences in glioblastomas
Szerző: Albeck Gyula
Megjelent: (2025)

Computation via chains of coupled nonlinear oscillators - A molecular memory application based on discrete breathers
Szerző: Kovács Dániel
Megjelent: (2009)

Adaptive Mistranslation Accelerates the Evolution of Fluconazole Resistance and Induces Major Genomic and Gene Expression Alterations in Candida albicans
Szerző: Weil Tobias, et al.
Megjelent: (2017)

The Traffic Reaction Model A kinetic compartmental approach to road traffic modeling /
Szerző: Pereira M, et al.
Megjelent: (2024)

Balancing between the discretion of the Member States to define their nationals and the protection of the interests of EU citizens. Case law of the CJEU on the loss of EU citizenship.
Szerző: Gurisev-Pap Viola
Megjelent: (2021)

Fine-tuning the extent and dynamics of binding cleft opening as a potential general regulatory mechanism in parvulin-type peptidyl prolyl isomerases
Szerző: Czajlik András, et al.
Megjelent: (2017)

Growth Rate as a Direct Regulator of the Start Network to Set Cell Size.
Szerző: Aldea M, et al.
Megjelent: (2017)

Activity Recognition Using CNN Networks
Szerző: Mallick Rupayan
Megjelent: (2014)

Processing echocardiogram images with neural network
Szerző: Soós András László
Megjelent: (2022)

Preventing Overconfident Responses in Neural Networks
Szerző: Bódis Viktor
Megjelent: (2014)

Network modeling of cortical dynamics and computations
Szerző: Vértes Eszter
Megjelent: (2011)

Networks of the Armenian Diaspora The National and International Connections of the Armenian Catholic Ordinariate in Romania /
Szerző: Tsatryan Mila
Megjelent: (2023)

Applications of Cellular Neural/Nonlinear Networks in Physics
Szerző: Ercsey-Ravasz Mária-Magdolna
Megjelent: (2008)

Classification performance improvements for deep neural networks
Szerző: Halász András Pál
Megjelent: (2015)

Analysis of Large-Scale PPI Networks in Python
Szerző: Kovách Péter
Megjelent: (2013)

Study of artificial neural network pruning strategies
Szerző: Belánszki Tibor
Megjelent: (2023)

Evaluation of pruning methods for artificial neural networks
Szerző: Borcsiczky Judit
Megjelent: (2023)

Analysis of protein complexes and networks in synaptic disorders
Szerző: Dirner Anna
Megjelent: (2014)

Development of neural networks for heart slice segmentation
Szerző: Rácz Adrienn
Megjelent: (2025)

Competition in the chaperone-client network subordinates cell-cycle entry to growth and stress
Szerző: Moreno D.F, et al.
Megjelent: (2019)

Applying neural network based algorithms in communication technology
Szerző: Tisza Dávid
Megjelent: (2019)

Modular analysis of brain and free word association networks
Szerző: File Bálint
Megjelent: (2020)

Studying the dynamics of a neural network model of the hippocampus
Szerző: Steinbach-Németh Orsolya
Megjelent: (2014)

Hepatic vascular network segmentation for liver surgery planning
Szerző: Benis Olivér
Megjelent: (2022)